~~ LC-MS/MS鉴定灵敏度低是蛋白质组学实验中常见且影响较大的问题，通常表现为可鉴定蛋白数量不足、低丰度蛋白覆盖不充分、肽段谱图质量不稳定或重复样本之间结果一致性较差。对于疾病标志物筛选、药物靶点验证、互作蛋白鉴定和翻译后修饰研究而言，灵敏度不足会限制后续生物学解释的深度。LC-MS/MS蛋白质鉴定灵敏度不仅取决于质谱平台状态，还与样本来源、蛋白提取效率、酶切质量、脱盐纯化、色谱分离、离子化过程、采集模式和数据库检索策略密切相关。因此，解决LC-MS/MS鉴定灵敏度低的问题，需要从实验前处理、LC-MS/MS分析和数据解析三个层面进行系统排查。 一、LC-MS/MS鉴定灵敏度低的主要表现 1、肽段信号弱与谱图质量不足 (1) 肽段离子响应不足 肽段信号弱可能与样本输入、肽段理化性质、基质干扰和电喷雾离子化效率有关。疏水性较强、序列过短或过长、带有复杂修饰的肽段，可能在离子化和碎裂过程中产生较低响应，导致MS/MS谱图可用信息减少。 (2) 特征碎片离子不足 当母离子选择受共洗脱干扰影响，或碎裂条件与肽段性质不匹配时，MS/MS谱图中的特征碎片离子可能不足，数据库检索评分随之下降，最终影响蛋白质鉴定结果。 2、鉴定数量少与低丰度覆盖不足 (1) 高丰度蛋白造成检测竞争 血清、血浆、组织裂解液和细胞裂解液等复杂样本中，高丰度蛋白及其重复肽段可能占据更多采集机会，使低丰度肽段难以进入有效MS/MS采集窗口。 (2) 样本损失降低有效肽段输入 蛋白沉淀、复溶、还原烷基化、酶切和脱盐过程均可能带来不同程度的样本损失。若前处理流程与样本体系不适配，可进入LC-MS/MS分析的有效肽段数量会受到影响。 3、重复性差与数据解释受限 (1) 色谱和仪器状态波动 色谱柱状态、流动相稳定性、喷雾状态和样本残留均会影响保留时间、峰形和离子强度。若缺少过程质控，难以判断灵敏度低来自样本端还是平台端。 (2) 检索策略与实验目的不匹配 数据库选择、酶切规则、可变修饰、质量误差范围和FDR控制条件需要与样本来源和研究目标一致。参数过宽可能增加搜索空间，参数过窄可能遗漏真实肽段。 图1 二、为什么会出现LC-MS/MS鉴定灵敏度低 1、样本前处理不适配 (1) 裂解体系影响蛋白释放 组织、细胞、微生物、体液、FFPE和免疫沉淀样本对裂解体系的要求不同。若裂解条件不足，蛋白释放不完全；若缓冲液中含有不兼容成分，则可能干扰后续酶切、色谱分离和离子化过程。 (2) 肽段净化影响检测窗口 残留盐分、表面活性剂、核酸、多糖、脂质或其他基质成分会影响色谱保留和电喷雾稳定性。对于低丰度蛋白鉴定，样本净化质量会影响可进入有效检测窗口的肽段数量。 2、液相分离能力不足 (1) 共洗脱增加背景干扰 若梯度、柱效、上样条件或流动相体系未根据样本复杂度调整，肽段可能集中洗脱，造成采集竞争增强。共洗脱会增加背景信号，使低丰度肽段更难获得稳定MS/MS谱图。 (2) 保留时间稳定性影响重复鉴定 色谱系统污染、柱效下降、流速波动或样本基质残留，均可能影响保留时间稳定性。对于批量蛋白质组学检测，保留时间稳定性会影响跨样本鉴定一致性和定量可比性。 3、质谱采集与数据策略受限 (1) DDA模式对低丰度肽段覆盖有限 DDA依赖强度优先选择母离子，适合发现型蛋白质组学分析，但在复杂样本中可能更偏向高丰度肽段。对于低丰度蛋白、目标蛋白或特定修饰肽段，可结合DIA、PRM、MRM或样本分级策略进行方法设计。 (2) 数据库检索需要按体系调整 物种数据库、污染库、修饰设置、酶切规则和鉴定阈值应根据实验体系设定。检索策略并非越复杂越好，应在覆盖目标信息与控制假阳性之间保持合理平衡。 三、LC-MS/MS鉴定灵敏度提升方法与服务支持 图2 1、从样本端提高有效肽段质量 (1) 优化蛋白提取与杂质控制 应根据样本类型选择适配的裂解、沉淀、复溶和清除策略，并评估蛋白释放效率与后续质谱兼容性。对于微量样本、体液样本、FFPE样本或IP样本，可采用更精细的样本制备流程降低损失风险。 (2) 评估酶切与脱盐效果 还原烷基化、酶切和脱盐条件需随样本体系调整。通过肽段长度分布、漏切情况、总离子流、污染物信号和重复进样表现，可判断灵敏度低是否与前处理质量相关。 2、从LC-MS/MS方法端提高检测覆盖 (1) 优化液相分离条件 复杂蛋白质组样本可结合样本复杂度调整色谱梯度、分离柱、上样条件和分级策略。更合适的分离条件有助于降低共洗脱干扰，使低丰度肽段获得更稳定的采集机会。 (2) 选择适合研究目的的采集模式 发现型研究可采用DDA或DIA，目标蛋白验证可采用PRM或MRM。不同模式在覆盖深度、重复性、靶向能力和数据处理复杂度方面各有适用场景，应根据研究目标和样本条件选择。 3、从CRO服务流程降低实验风险 (1) 开展实验前方案评估 在CRO蛋白质组学项目中，方案设计应结合样本类型、研究目的、目标蛋白丰度、可用样本量和预期交付结果进行评估。实验前评估可降低流程不匹配带来的鉴定风险。 (2) 建立可追溯的数据质控体系 LC-MS/MS分析服务的交付内容应覆盖原始谱图、蛋白与肽段鉴定表、质控信息、差异分析结果和可追溯的结果解释报告。结合污染物评估、漏切趋势、肽段分布、保留时间稳定性和鉴定重复性，可更准确地定位灵敏度低的原因。 LC-MS/MS鉴定灵敏度低需要按照“样本制备—液相分离—质谱采集—数据检索—结果质控”的路径逐层分析。对于科研实验室和生物医药研发项目而言，单纯更换仪器或调整单一参数通常难以系统解决问题，基于样本特征和研究目标进行方法设计更具有可执行性。如需开展LC-MS/MS蛋白质鉴定、低丰度蛋白分析、IP-MS实验、DIA蛋白质组学检测或靶向质谱验证，可联系百泰派克生物科技获取专业CRO技术咨询、样本评估与服务支持。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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